El municipio de Santa María Camotlán se localiza en la región Mixteca, entre los paralelos 17°49’ y 17°55’ de latitud norte; los meridianos 97°34’ y 97°44’ de longitud oeste; altitud entre 1 600 y 2 900 m. Colinda al norte con los municipios de Heroica Ciudad de Huajuapan de León, Asunción Cuyotepeji y San Francisco Teopan; al este con los municipios de San Francisco Teopan y San Pedro Nopala; al sur con los municipios de San Pedro Nopala y Santiago Huajolotitlán; al oeste con los municipios de Santiago Huajolotitlán y Heroica Ciudad de Huajuapan de León. Ocupa el 0.10% de la superficie del estado.
